《黑客帝國動畫版》由9段以《黑客帝國》系列電影世界觀為基础生發出的短片组成,各篇的角度与风格各異,製作班底汇聚了日本、美國、韓國三地的動畫精英。《机器複兴》讲述了MATRIX的歷史。机器人不堪人類恶劣对待,终于反抗并将人類化為能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自網絡的召唤,而大批黑衣人開始对他展開围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪錄》描写一位短跑运動员在接近突破人類极限時终被系統牢牢控製。《超越极限》叙述因為系統錯誤,平靜的街區中出现了一片超常區域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着試圖摆脱系統的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人類捕獲并驯化的故事。《终极战役》記錄了一艘飞船毁灭的经过。