哥斯拉掉入三原山之後,日本过了5年平安的日子,但是自卫队為了以防万一,打算以哥斯拉的细胞為成分製造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB),以及将之前与哥斯拉对战時被摧毁的超级武器"Super_X"改造成為"Super X2",此時哥斯拉在三原山里居然又開始活動,使得日本關東地區地震不断,并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡,于是白神博士便加入ANB计划,同時他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物結合製造了不死植物碧奥兰蒂,但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此時三原山爆炸,哥斯拉再度出现,自卫队無法阻挡哥斯拉 往東京方向移動,後来出動了"Super X2"使哥斯拉改变移動方向,但是在哥斯拉不间断的攻擊之下"Super X2也敗下阵来,但是沒有想到哥斯拉此時却朝着碧奥兰蒂的所在地移動.....