2285年,在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰進取号,返回了地球的太空港以進行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种異常的行為:如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱語等,最後他被送進了医院進行精神檢查。斯科提被另分派到了联邦星舰精進号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知,進取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他,斯波克的遗體必须返回瓦肯星,否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星,寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊進行了心灵融合,因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是,星际舰队拒绝让陈旧的進取号离開太空港。从医院出来後听聞消息的麦科伊,企圖招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵時他被逮捕,但这并沒有影响到整个计划:在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱,并一同登上了被废弃的進取号。為了避免被追擊,斯科提還破坏了精進号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事業的风险,驾驶進取号航向创世星。 其间,克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造為一种新式武器,克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰,去夺取或摧毁这一战略性的武器。 在联邦星舰葛瑞森号上,戴維·马库斯博士与莎維可上尉在创世星的轨道上進行着科学觀测。他们很快便在地面上發现了生命形式,出于好奇心的驱使,他们俩传送上了星球表面并發现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读數,他们發现了幼年斯波克的活體:成长速度奇快,但却沒有意识或灵魂。 克林贡人在此時也抵达了创世星,他们摧毁了葛瑞森号并抓獲莎維可、马库斯和少年的斯波克作為人質。不一会,進取号也抵达穆塔拉星區(Mutara Sector),很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻擊到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人質的生命,柯克使用了一个计谋来重新掌控局势,但并未成功。戴維·马库斯随後被克林贡人杀害。由于沒有其他的選擇,柯克只得向克林贡人投降。柯克為了重新占據上风,冒死一搏啟動了進取号的自毁程序。進取号的船员随後传送上了创世星,目睹着進取号在一片亮光中毁灭,同時也捎带上了克鲁格大部分的战士。 柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎維可,并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量,斯波克的遗體得以重生,并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离開不稳定的创世星時,斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰時,创世星開始了劇烈的爆炸。 在沙瑞克的庇護下,猛禽舰抵达了瓦肯星。在经歷了危险的“浮圖邦术”仪式後,斯波克的灵魂离開了麦科伊的意识回到了自己的身體中。仪式最终成功,複活的斯波克開始重新回忆他的过去与朋友。他问進取号的船员们,為什么要冒着失去生命与毁掉事業的危险营救他;柯克告诉他,有些時候需要“牺牲小我,成全大我”。