继續延續上一季的劇情,原来穆德受了骗,及時發觉錯誤後和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作為一个普通FBI特別探员不该進入的地方”搜集需要的資料。本季發展越来越精彩,一些沒有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架時子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年製作小组甚至找了两位知名科幻小說家操笔,客串写出两集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X档案為了配合電影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明顯,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的關系做出重大考验。该季結束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。