在百子成功渡过地表入侵,山地基因危机,Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年後,天空人和小oHeda领導的地表人又回到了地面。 在重建家园的時候,意外發现大战前美國國防建立的海底智能化基地由于備用供電终止,浮出水面。 在探索後發现,基地并沒有幸存者。 在修好了供電設備後,天空人進入了海底基地的控製系統,原来这是在冷战時期就開始研發的太空战基地,之所以修在海底是為了安全和保密。 海底基地可以接入還在运行的军事卫星,意外發现美國已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系,神族文明的外交舰队已在百年前出發,现在已進入银河系的边缘。 神族文明發现地球文明已经不複存在。 同時ari当時備份在宇宙空间站的系統錯誤判定神族文明的来意,希望他们能帮助人類重建家园。 然而神族文明却已開始了殖民地球的计划。 外交舰队的任務是消灭地球残留文明建立新的秩序。 天空人和地表人将如何利用地球倒退的文明擊敗宇宙神族将是本季的亮點。 基本劇情設定,神族文明也是碳基生物,具有和人類相似的外形,其武器也是基于量子力学開發的,只不过比人類当年科技全胜的要先進。 神族文明当年和地球文明互相發现後,认為地球文明的科技具有爆炸性,未必能在到达地球後仍保持技术领先,不过由于对于未知世界的好奇,他们派出了2艘星舰和1w名神族战士的外交舰队。