正享受短暫假期的公安九课少校草薙素子(坂本真绫 配音)突然接到巴特(松田健一郎 配音)的報告,西之内某處大厦遭受恐怖分子袭擊,政府高官和商業巨擎被人杀害。在草薙的指挥下,九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作,将恐怖分子彻底製服,但草薙在行動中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭擊的同時,远郊的水坝發生爆炸案。新滨县刑警陀古萨(新垣樽助 配音)传唤水坝管理企業负责人沙特博士,对方是来自饱经战火的卡森共和國的卡尔迪斯人。受警方高层施压,陀古萨沒有得到任何有用信息。另一方面,草薙一方得知恐怖分子的真实身份,正是卡尔迪斯的游擊队组织。两起案件意外联系在一起,其背後隱藏怎样的真相? 本片根據士郎正宗的原作改編,為攻壳机動队前传“ARISE”的第三部。