曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终結後过了大约300年。 地球圈失去了至今為止的統治机构,在新的支配體系下,新世界被构筑起来。一時的和平到来,与此同時,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。 主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警備公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力統治下的火星都市独立的少女库德莉亚·藍那·伯恩斯坦的護卫任務。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭擊,于是在把三日月这些孩子当做诱饵後撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认為这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付擊退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS動力炉来使用的“厄祭战”時代的机動战士——高达·巴巴托斯,向敌军發起挑战。